Chromosome 6

Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology

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X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 NA

ENTITIES: by Chromosome band

X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22

Chromosome 6


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Band 6q11

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  • Chromosomal abnormalities in band 6q11
  • Genes in band 6q11 (reference hg38)
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    Chromosomal abnormalities in band 6q11

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      Mitelmandel(6)(q11)  Mitelman (CGAP) Follicular lymphoma  
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      Mitelmandel(6)(q11)  Mitelman (CGAP) Multiple myeloma  
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      Mitelmander(6)t(1;6)(q12;q11)  Mitelman (CGAP) Multiple myeloma  
      Mitelmander(6)t(3;6)(q11;q11)  Mitelman (CGAP)KidneyAdenocarcinoma  
      Mitelmander(6)t(6;15)(q11;q11)  Mitelman (CGAP) Follicular lymphoma  
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    6q116q22Cosmic_SVu(6)(q11;q22)  Cosmic_SV [COST729655]prostate__NScarcinoma__adenocarcinoma [COSU538]
    6q116q22Cosmic_SVu(6)(q11;q22)  Cosmic_SV [COST735946]prostate__NScarcinoma__adenocarcinoma [COSU537]
    6q116q22Cosmic_SVu(6)(q11;q22)  Cosmic_SV [COST753361]prostate__NScarcinoma__adenocarcinoma [COSU538]
    6q116q22Cosmic_SVu(6)(q11;q22)  Cosmic_SV [COST761655]prostate__NScarcinoma__adenocarcinoma [COSU538]
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    6q116q25Cosmic_SVu(6)(q11;q25)  Cosmic_SV [COST755005]prostate__NScarcinoma__adenocarcinoma [COSU538]
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    6q116q27Cosmic_SVu(6)(q11;q27)  Cosmic_SV [COST391839]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    6q11Xp22Cosmic_SVu(6;X)(q11;p22)  Cosmic_SV [COST349368]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    6q11Xp22Cosmic_SVu(6;X)(q11;p22)  Cosmic_SV [COST554059]prostate__NScarcinoma__adenocarcinoma [COSU537]
    6q11Xq12Cosmic_SVu(6;X)(q11;q12)  Cosmic_SV [COST229849]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma  
    6q11Xq12Cosmic_SVu(6;X)(q11;q12)  Cosmic_SV [COST358050]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    6q11Xq12Cosmic_SVu(6;X)(q11;q12)  Cosmic_SV [COST379250]breast__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU652]
    6q11Xq21Cosmic_SVu(6;X)(q11;q21)  Cosmic_SV [COST146249]ovary__NScarcinoma__mixed_adenosquamous_carcinoma [COSU585]
    6q11Xq22Cosmic_SVu(6;X)(q11;q22)  Cosmic_SV [COST724134]prostate__NScarcinoma__adenocarcinoma [COSU537]
    9p136q11Cosmic_SVu(9;6)(p13;q11)  Cosmic_SV [COST351408]pancreas__NScarcinoma__NS [COSU382]
    9p216q11Cosmic_SVu(9;6)(p21;q11)  Cosmic_SV [COST393442]pancreas__NScarcinoma__ductal_carcinoma [COSU382]
    Xq216q11Cosmic_SVu(X;6)(q21;q11)  Cosmic_SV [COST146157]ovary__NScarcinoma__mixed_adenosquamous_carcinoma [COSU585]
    Xq226q11Cosmic_SVu(X;6)(q22;q11)  Cosmic_SV [COST720526]prostate__NScarcinoma__adenocarcinoma [COSU537]

    Genes in band 6q11

    (click on headers to reorder columns)
    GoldenPath hg38Band 1Band 2ClassCloneFusionPartner 1Partner 2LinksTopographyMorphologyPubmedOmimAccession
    chr6:61574103-61574629 + 6q11   Gene [G]     MTRNR2L9       [Omim] [Entrez]
    chr6:61574103-61574629 + 6q11   Gene [NOR]   RNA28S5/MTRNR2L9 MTRNR2L9 RNA28S5 heart Normal tissue [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:61574103-61574629 + 6q11   Gene [NOR]   RNA28S5/MTRNR2L9 MTRNR2L9 RNA28S5 ovary Normal tissue [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:61679960-62286227 - 6q11   Gene [DDG]   AL049544.1/KHDRBS2 KHDRBS2 AL049544.1 [Cosmic]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:61679960-62286227 - 6q11   Gene [G]     KHDRBS2   [Cosmic]     [Omim] [Entrez]
    chr6:61679960-62286227 - 6q11 8p21 Gene [GDB]   ATP6V1B2/KHDRBS2 KHDRBS2 ATP6V1B2 [Cosmic]
    [FusionGDB]      		     [Omim] [Entrez]
    chr6:61679960-62286227 - 6q11 8p11 Gene [GDB]   BRF2/KHDRBS2 KHDRBS2 BRF2 [Cosmic]
    [FusionGDB]      		     [Omim] [Entrez]
    chr6:61679960-62286227 - 6q11 15q25 Gene [GDB]   EFL1/KHDRBS2 KHDRBS2 EFL1 [Cosmic]
    [FusionGDB]      		     [Omim] [Entrez]
    chr6:61679960-62286227 - 6q11 6q13 Gene [GDB]   KHDRBS2/LMBRD1 KHDRBS2 LMBRD1 [Cosmic]
    [FusionGDB]      		     [Omim] [Entrez]
    chr6:61679960-62286227 - 6q11 8q22 Gene [GDB]   RNF19A/KHDRBS2 KHDRBS2 RNF19A [Cosmic]
    [FusionGDB]      		     [Omim] [Entrez]
    chr6:61679960-62286227 - 6q11 9q21 Gene [GDB]   TRPM3/KHDRBS2 KHDRBS2 TRPM3 [Cosmic]
    [FusionGDB]      		     [Omim] [Entrez]
    chr6:61679960-62286227 - 6q11 14q24 Gene [GDB]   YLPM1/KHDRBS2 KHDRBS2 YLPM1 [Cosmic]
    [FusionGDB]      		     [Omim] [Entrez]
    chr6:61679960-62286227 - 6q11 8p21 Gene [M]   ATP6V1B2/KHDRBS2 KHDRBS2 ATP6V1B2 [Cosmic]
    [Mitelman]    		 Brain Astrocytoma, grade I-II [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:61679960-62286227 - 6q11 8p11 Gene [M]   BRF2/KHDRBS2 KHDRBS2 BRF2 [Cosmic]
    [Mitelman]    		 Large intestine Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:61679960-62286227 - 6q11 6q13 Gene [M]   KHDRBS2/LMBRD1 KHDRBS2 LMBRD1 [Cosmic]
    [Mitelman]    		 Lung Adenocarcinoma [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:61679960-62286227 - 6q11 15q25 Gene [TF]   EFL1/KHDRBS2 KHDRBS2 EFL1 [Cosmic]
    [TCGA]    		 [TCGA-LUSC]   [PubMed] [Omim] [Entrez]
    chr6:61679960-62286227 - 6q11 6q13 Gene [TF]   KHDRBS2/LMBRD1 KHDRBS2 LMBRD1 [Cosmic]
    [TCGA]    		 [TCGA-LUAD]   [PubMed] [Omim] [Entrez]

    [ Bold normal : A; Italic normal :G; Italic small : E ]

    X Y 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
    [previous]   6 6p 6q 6p25 6p24 6p23 6p22 6p21 6p12 6p11 6q11 6q12 6q13 6q14 6q15 6q16 6q21 6q22 6q23 6q24 6q25 6q26 6q27   [next]

    External links

    Mitelman Database [NCI] : Breakpoint 6q11

    [ UCSC ][ enSembl ][ MapView - NCBI ][ 1000Genomes ][ EVS ][ CGWB ][ DGV ][ DBVar ][ OMIM ][ HapMap ][ DECIPHER ] [ ECARUCA ]
    Gene Expression (MSigDB) in 6q11  [ HTC ]  [ NCI ]  [ INV ]

    Global tables

  • Anomalies list (tabulated txt file)
  • Genes list (tabulated txt file)
  • Anomalies list - limited to abnormalities with gene fusions(tabulated txt file)
  • Genes list - limited to genes fusions (tabulated txt file)
  • list of gene fusions for each gene (with origins of the data)
  • list of gene fusions by origin (with topography and morphology)

    References

    Contributor(s)

    Writtenmay 2012Philippe Dessen
      
    Updatedoct. 2019Philippe Dessen and Jean-Loup Huret

    Citation

    This paper should be referenced as such :
    Dessen P and Huret JL. Chromosomal band 6q11. Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. July 2012.
    URL : http://atlasgeneticsoncology.org/Bands/6q11.html
    © Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology
    indexed on : lun. oct. 28 16:28:18 CET 2019

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